С 1962 г. В.Л. Яковлев трудится в Институте горного дела МЧМ СССР, а ныне ИГД УрО РАН. В 60-е годы он активно участвовал в становлении Уральской научной школы карьерного транспорта, сформированной под руководством проф. М.В. Васильева, и со временем стал ее общепризнанным лидером. В 1966 г. он защитил кандидатскую, а в 1979 г. — докторскую диссертацию, в ней впервые были изложены общие положения стратегии формирования транспортных систем, которые являются теоретической и методической основой выбора стратегии формирования транспортных систем глубоких карьеров. С 1986 г. В.Л. Яковлев - директор Института горного дела Севера Сибирского отделения РАН (г. Якутск). Под его руководством институт успешно решал задачи, связанные с созданием научных основ разработки месторождений в условиях многолетней мерзлоты. Виктор Леонтьевич входил в состав Президиума ЯНЦ, Международного комитета по горному делу в Арктике. В 1991 г. он избирается членом-корреспондентом вновь созданной Российской Академии наук, принимает активное участие в создании Академии наук республики Саха (Якутия), где был избран действительным членом, членом Президиума, ему присвоено почетное звание «Заслуженный деятель науки республики Саха (Якутия)».
В 1995 г. В.Л. Яковлев возвращается на Урал и избираетсяна должность директора Института горного дела УрО РАН, членом Президиума, председателем комиссии по уставу УрО РАН. Под его руководством ученые ИГД УрО РАН не только вносят существенный вклад в создание фундаментальных основ эффективного и безопасного освоения недр, но и успешно внедряют результаты исследований на горных предприятиях Урала, Сибири, Северо-востока, Центра и Северо-запада России.
Его основные научные труды и публикации последних лет в большей степени связаны с разработкой научных основ стратегии освоения недр: разработан методологический подход к обоснованию стратегии поэтапной разработки глубокозалегающих сложноструктурных месторождений, базирующийся на принципах системности, комплексности, междисциплинарности и инновационной направленности; введено принципиально новое понятие «переходные процессы» при разработке инновационных технологий добычи, рудоподготовки и обогащения минерального сырья, основанное на учете закономерностей нарастания геологической, горно-технологической и техникоэкономической информации в динамике развития горных работ; разработана совокупность технических, технологических и эколого-экономических макрооценочных критериев, обеспечивающих первичную оценку необходимости формирования минеральносырьевых центров в различных природно-климатических условиях.